有機農産物の日本農林規格 を読んでいきます。
第4条 有機農産物の生産の方法についての基準は、次のとおりとする。
一般管理
土壌、植物又はきのこ類に使用禁止資材を施さないこと。
育苗管理
育苗を行う場合（ほ場において育苗を行う場合を除く。）にあっては、
周辺から使用禁止資材が飛来し、又は流入しないように必要な措置を講じ、
その用土として次の１から３までに掲げるものに限り使用するとともに、
この表ほ場における肥培管理の項、ほ場における有害動植物の防除の項及び
一般管理の項の基準に従い管理を行うこと。
１ この表ほ場又は採取場の項の基準に適合したほ場又は採取場の土壌
２ 過去３年以上の間、周辺から使用禁止資材が飛来又は流入せず、
かつ、使用されていない一定の区域で採取され、採取後においても
使用禁止資材が使用されていない土壌
３ 別表１の肥料及び土壌改良資材
収穫、輸送、選別、調製、洗浄、貯蔵、包装その他の収穫以後の工程に係る管理
１ この表ほ場又は採取場の項、ほ場に使用する種子、苗等又は種菌の項、
ほ場における肥培管理の項、ほ場における有害動植物の防除の項、
一般管理の項又は育苗管理の項の基準（以下「ほ場又は採取場の項等の基準」という。）に
適合しない農産物が混入しないように管理を行うこと。
２ 有害動植物の防除又は品質の保持改善は、物理的又は生物の機能を利用した方法
（組換えＤＮＡ技術を用いて生産された生物を利用した方法を除く。以下同じ。）によること。
ただし、物理的又は生物の機能を利用した方法のみによっては効果が不十分な場合には、
以下の資材に限り使用することができる。
(1) 有害動植物の防除目的
別表２の農薬及び有機加工食品の日本農林規格（平成１７年１０月２７日農林水産省告示第１６０６号）
別表２の薬剤（ただし、農産物への混入を防止すること。）
（2） 農産物の品質の保持改善目的別表３の調製用等資材
（製造工程において化学的に合成された物質が添加されていないものであって、
組換えＤＮＡ技術を用いて製造されていないものに限る。）
３ 放射線照射を行わないこと。
４ この表ほ場又は採取場の項等の基準及び、この項１から３までに掲げる基準に従い
生産された農産物が農薬、洗浄剤、消毒剤その他の資材により汚染されないように管理を行うこと。
私の解説有機農産物は栽培時だけでなく、種を植えたり、苗を育てたりするときも、そして収穫し、輸送し、選別、
調整、貯蔵、包装など収穫後の工程管理についても定められています。
苗を育てる土にも禁止された資材を使わないこと、収穫後も他の資材や農産物によって
汚染されないようにと定められています。
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【 詳細は農林水産省のホームページ 有機農産物の日本農林規格 をご覧ください。】
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